표제지
목차
국문 초록 (Abstract in Korean) 8
Ⅰ. 서론 10
1. 삼출성 중이염 (Otitis media with effusion)의 정의 및 유형 10
2. OME와 유스타키오 관의 기능장애 간의 연관성 11
3. Host와 마이크로바이옴의 상호작용 12
4. OME에서 아데노이드 및 중이 마이크로바이옴의 특징 13
Ⅱ. 재료 및 방법 15
1. 윤리적 승인 15
2. 연구 피실험자 모집 및 시료 수집 15
3. DNA 추출 kit를 이용한 metagenome DNA 추출 16
4. Whole metagenome shotgun sequencing 수행 17
5. 박테리아 수 정량을 위한 quantitative Real-Time (qRT) PCR 18
6. 마이크로바이옴 분석 19
A. Decontamination 과정 및 데이터 전처리 과정 19
B. 임상 정보 분석 20
C. 마이크로바이옴 다양성 분석 20
D. Envfit 분석 21
E. MaAsLin 분석 21
F. Random forest regression model 22
G. 네트워크 분석 23
H. Functional features 분석 23
Ⅲ. 결과 25
1. 아데노이드와 장내 박테리아 군집 간 비교 분석 25
2. 아데노이드와 장내 박테리아 군집에서 정상군과 질환군 간의 비교 30
3. 연령에 따른 박테리아 군집 발달과 연령 그룹 내 박테리아 군집 비교 34
4. 연령 그룹 내 아데노이드 마이크로바이옴의 기능 분석 38
5. 장내 마이크로바이옴에 대한 기능 분석 43
6. 아데노이드 마이크로바이옴의 정상군 및 질환군의 네트워크 분석 45
7. 특정 gene family에 대한 기여 박테리아 데이터 분석 47
Ⅳ. 고찰 51
Ⅴ. 참고문헌 58
영문 초록 (Abstract in English) 64
Table 1. 아데노이드와 분변 시료에 대한 임상 정보 29
Table 2. 각각의 시료 타입 내에서의 EnvFit 분석 결과 33
Figure 1. 아데노이드와 분변 시료의 오염에 대한 background signal 제거 과정. Background signal 제거의 경우 decontam R package를 이용하였으며, prevalence를... 27
Figure 2. 아데노이드와 장에 존재하는 박테리아 군집 비교. (a) 전체 시료, (b) 정상군, (c) 질환군에 대한 아데노이드와 장내 박테리아 군집의 shannon diversity, Log₁₀(16s copy... 28
Figure 3. MEF 유형에 따른 아데노이드와 장 내 박테리아 군집 비교. 아데노이드 박테리아 군집의 정상군과 MEF 유형들 간에 (a) Shannon diversity와 Bray-curtis dissimilarity... 32
Figure 4. 정상군 및 MEF 유형들 간에 마이크로바이옴 나이 및 연령 구간 내 박테리아 군집 비교. (a) 마이크로바이옴 나이와 연령 간의 spearman's correlation... 36
Figure 5. 6-12세 그룹 내 정상군과 MEF유형 간의 종 수준 비교. 6-12세 그룹 내에서 정상군과 MEF 유형 간의 종의 상대적 풍부도를 비교하였으며, 유의성을 계산하기 위해... 37
Figure 6. 아데노이드 마이크로바이옴의 기능적 다양성과 1st category pathway 비교. (a) 전체 아데노이드 시료, (b) 2-5세 그룹, (c) 6-12세 그룹 내에서의 정상군과 MEF 유형들...[이미지참조] 40
Figure 7. 아데노이드 마이크로바이옴의 2nd category pathway 비교. 전체 아데노이드 그룹, 2-5세 그룹, 6-12세 그룹에서 정상군과 MEF 유형들 간의 유의미한 차이를 보이는...[이미지참조] 41
Figure 8. 연령 그룹 내에서 정상군과 MEF 유형들 간의 K-gene family 비교. (a) 2-5세 그룹 내 정상군과 MEF 유형들 간에 K-gene family 비교에 대한 volcano plot. (b) 6-12세... 42
Figure 9. 정상군 및 MEF 유형들 간의 장내 마이크로바이옴의 기능적 특징 비교. (a) 장내 마이크로바이옴의 기능적 다양성 비교. Pathway diversity는 shannon diversity를... 44
Figure 10. 6-12세 그룹에 대한 정상군과 질환군의 네트워크 분석. (a) 정상군에 대한 네트워크 분석. (b) 질환군에 대한 네트워크 분석. 네트워크에서 correlation은 fastspar을... 46
Figure 11. 6-12 세 그룹 내 아세테이트의 생합성과 대사와 관련된 gene family에 대한 기여 박테리아 분석. (a) K01512에 대한 반응식 및 정상군과 MEF 그룹 간의 비교. (b)... 49
Figure 12. NAD⁺ 생합성 gene family에 대한 기여도 분석 및 S. pneumoniae의 기능 분석. (a) K01916에 대한 반응식 및 정상군과 MEF 유형들 간의 비교.(b) 6-12세 그룹에... 50