본 연구는 2005년과 2007년 산업자원부(이하 “산업부”)에서 추진한 혁신 클러스터 사업의 효과를 보다 과학적으로 분석하고 향후 정책이 어떤 부분을 주목하여 추진되어야 하는지를 제시하기 위해 입주기업들의 경쟁력을 평가하는 것을 주된 목적으로 한다. 분석결과 입지계수 분석에서는 11개 분석대상 지역에서 LQ지수 1 이상인 산업 총 69개, 평균 6.3개가 도출되었고, LQ지수 1 이상 산업이 가장 많은 지역은 반월시화(10)이고, 가장 적은 지역은 전남(1)으로 나타났다. 입지계수 분석에서 발견된 특화산업들은 산업부에서 인식하고 있는 특화산업과 상당한 차이를 보였다. 자료포락분석에서는 11개 분석대상 지역의 31개의 분석대상 산업분류 중 18개 업종, 58.1%가 같은 광역단위 지역 혹은 전국 기준 동종의 업종 생산 효율성보다 낮은 수준을 보였다. 둘 이상의 분석대상 지역에서 동종의 산업분류에 대해 특화 산업으로 확인한 11개 지역 10개 업종의 DEA 비교분석 결과는 각 산업분류가 갖는 생산 효율성 값은 LQ지수와 정비례의 관계를 나타내고 있으나, 생산효율성이 특히 낮았던 일부지역(광주, 부산, 대구, 전남)에서는 각 산업이 갖는 특화정도(LQ지수)에 비해 다른 분석대상 지역의 동종 업종보다 낮은 수준의 생산 효율성 값을 나타내고 있다.