WTO 무역원활화 협정이 발효되면서 WTO 회원국에 수출입 및 통관과 관련하여 기존보다 더 높은 투명성을 요구하고 있다. 그러나 WTO 협정상 투명성 원칙의 관점에서 AEO MRA 체결을 분석한 선행연구는 부족하였다. 이에 본 연구는 WTO 협정상 투명성이 AEO MRA 체결에 미치는 영향을 패널 프로빗 모형으로 실증분석하여 투명성 제고를 통한 MRA 체결 전략을 논의하였다. 본 연구는 WTO 협정상 투명성의 요소로 정보접근성, 공정한 규정집행, 신속하고 독립적인 사법적 불복절차를 도출하였고, 각 투명성 요소들이 AEO MRA 체결에 유의미한 영향을 미침을 확인하였다. 실증분석결과를 토대로 본 연구는 AEO MRA 체결 촉진 방안으로, AEO 제도에 관한 정보가 부족한 개발도상국을 위해 정보에 쉽게 접근할 수 있는 공식적인 창구를 마련하여야 한다는 점, 소관기관 사이에 정보접근성에 관한 국제협력이 필요하다는 점, AEO MRA가 자의적인 AEO 제도 집행 방지 및 무역장벽 예방을 할 수 있도록 AEO 관련 제도를 단일화하여 해야 한다는 점, 정부의 규제집행에 대한 사법적 불복절차에서 독립성과 공정성을 향상시켜 투명성을 제고하여야 한다는 점을 제시하였다. 본 연구는 투명성 원칙과 비관세장벽인 통관절차에 관하여 실증분석을 실시하여 MRA 체결 전략을 논의한 데 의의가 있다. 본 연구는 연구 결과를 통해 비관세장벽 전반에 걸친 MRA 체결을 촉진하는 데 기여하고자 하였다.