컨테이너 화물 처리량 증가에 따라 안정적인 화물 유치를 위한 터미널의 효율적인 운영이 필요한 실정이다. 본 연구에서는 국내 주요항 컨테이너 터미널의 효율성을 분석하는 것을 연구의 목적으로 한다. 국내 5대 항만에 위치한 컨테이너 터미널을 대상으로 DEA 분석을 실시하였으며, 동태적 변화를 알아보기 위해 Window 분석을 도입하였다. 부정산출변수를 고려한 터미널의 효율성 차이를 알아보기 위해 SBM 분석과 Undesirable DEA 분석을 도입하였다. 분석결과 SBM 분석에서는 JUCTC(정일울산컨테이너터미널), HPNTC(현대부산신항만), HJNPC(한진해운신항만), PNCOC(부산신항만터미널) 등의 효율성이 높게 나타났으며, Undesirable DEA에서는 JUCTC(정일울산컨테이너터미널), HJNPC(한진해운신항만), HPNTC(현대부산신항만), PNITC(부산신항국제터미널) 순으로 효율성이 높게 나타났다. 두 효율성의 차이가 크게 나타난 터미널은 BNCTC(비엔씨티터미널), DPCTC(동부부산터미널), HJNPC(한진해운신항만), HPNTC(현대부산신항만) 등으로 확인되었다.