우리나라 지방자치단체의 자치조직권은 중앙의 엄격한 통제를 받아왔고, 이에 대한 완화요구가 지속적으로 제기되었다. 중앙정부에서는 2007년부터 총액인건비제를 전면적으로 도입하여 중앙의 통제를 완화하고 자치조직권을 대폭적으로 확대한다고 홍보하였다. 그러나 정원책정기준도 종전의 기준과 하등의 차이가 없으며, 기구관리에 있어서도 과·담당관의 설치기준을 폐지하였으나, 직급별 정원책정기준에 따라야 하기 때문에 별다른 실익이 없다. 정원과 기구를 정하는 조례에 대한 시정요구와 보통교부세의 차등 지원에 따라 행정안전부의 표준모델이 사실상의 강제기준으로 작용하여 지속적으로 자치조직권을 제한하고 있다. 지방자치단체의 자치조직권을 확대하기 위해서는 기구·정원책정기준을 완전히 폐지하는 한편 시민단체와 지방의회에 의한 자율적인 통제를 강화하여, 지방자치단체의 조직관리를 중앙정부가 간접적으로 지원하는 협력적 관계를 구축하여야 한다.