백색 지방조직은 에너지 저장 및 아디포카인을 분비하는 내분비조직이다. 백색 지방조직 중에서도 특히 내장지방은 대사질환 발달과 밀접한 관련이 있으며, 내장지방 내 중성지방 및 콜레스테롤의 과도한 축적은 아디포카인 분비 변화, 염증 반응 증가를 포함한 다양한 지방조직 기능 이상을 초래한다. ApoE-/- 마우스의 지방조직은 정상 식이 섭취 시 조직 무게 및 중성지방 축적이 감소되며 thermogenesis 가 증가하는 항비만 특징이 나타난다. 고지방 또는 고지방 고콜레스테롤 식이 섭취 시에도 ApoE-/- 마우스는 대조군 마우스보다 비만에 저항적이나 지방조직의 기능 이상이 나타날 수 있음이 보고되었다. 따라서 본 연구는 고지방 고콜레스테롤 식이가 특히 염증 반응과 관련하여 전체 유전자 발현 프로파일 수준에서 ApoE-/- 마우스의 지방조직 특성에 미치는 영향을 확인하고자 전사체 분석을 진행하였다. 본 연구는 wild-type 마우스에 대조 식이(WC: WT + CON)와 고지방 고콜레스테롤 식이(WH: WT + HFHC)를, 그리고 ApoE-/- 마우스에 대조 식이(EC: ApoE-/- + CON)와 고지방 고콜레스테롤 식이 (EH: ApoE-/- + HFHC)를 총 10 주간 제공하였다. 연구 결과, 체중 및 지방조직 무게는 유전자형과 식이 영향이 모두 유의적으로 나타났으며 WT 군 대비 ApoE-/- 군에서 낮고 CON 군 대비 HFHC 군에서 높았다. 혈중 총 콜레스테롤, LDL-콜레스테롤, 유리 지방산, monocyte chemoattractant protein 1 수준은 유전자형과 식이의 상호작용 영향이 유의적으로 나타났고 EH 군에서 가장 높았다. 혈중 중성지방, 지질 과산화물 그리고 HDL-콜레스테롤 수준은 유전자형의 영향이 유의적으로 나타났다. 혈중 중성지방과 지질 과산화물은 WT 군 대비 ApoE-/- 군에서 높았던 반면 HDL-콜레스테롤은 ApoE-/- 군에서 낮았다. 혈중 아디포넥틴 농도는 식이의 영향이 유의적으로 나타났고 CON 군 대비 HFHC 군에서 낮았다. 혈중 렙틴 농도는 유전자형과 식이의 영향이 모두 유의적으로 나타났으며 WT 군 대비 ApoE-/- 군에서 낮고 CON 군 대비 HFHC 군에서 높았다. 마지막으로 지방조직 내 콜레스테롤과 지질 과산화물 농도는 ApoE-/- 마우스에서 식이의 영향이 유의적으로 나타났으며 EC 군 대비 EH 군에서 증가하였다. 다음으로 전사체 분석 결과, EC/WC 비교조합에서 총 3660 개, EH/WH 비교조합에서 총 839 개의 유전자가 변화하였으므로 ApoE-/- 마우스의 지방조직은 고지방 고콜레스테롤 식이 섭취에 따라 유전자 발현 변화가 다르게 나타남이 확인되었다. 또 WH/WC 비교조합에서 총 142 개, EH/EC 비교조합에서 총 2585 개의 유전자가 변화한 것을 통해 고지방 고콜레스테롤 식이의 영향은 ApoE-/- 마우스에서 더 크게 나타남이 확인되었다. Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG) 분석 결과, EC/WC 비교조합에서 미토콘드리아 기능과 관련된 "Thermogenesis"와 "Oxidative phosphorylation" 경로가 도출된 반면 EH/WH 비교조합에서는 도출되지 않았다. 또, 탄수화물, 지질, 그리고 단백질 대사와 관련된 KEGG 경로 또한 EC/WC 비교조합에서 총 25 개가 도출되었으나 EH/WH 비교조합에서 도출된 경로 수는 총 6 개에 불과하였다. WH/WC 비교조합과 EH/EC 비교조합의 gene ontology(GO) term 비교 시, EH/EC 비교조합에서만 "Regulation of inflammatory response" term 이 도출되었다. 더 나아가 해당 term 에 포함된 67 개의 유전자로 네트워크 분석 결과, toll like receptor 이 주요 조절 유전자로 확인되었다. 결론적으로 본 연구는 고지방 고콜레스테롤 식이에 따른 내장지방 내 유전자 발현의 변화는 ApoE-/- 마우스에서 더 크게 나타났으며, 주로 미토콘드리아 기능 및 염증 반응과 관련된 유전자 발현에 영향을 미쳤음을 확인하였다. 또 고지방 고콜레스테롤 식이에 의해 ApoE-/- 마우스의 지방조직에서 콜레스테롤 축적 및 지질 과산화물 수준이 증가하였므로 고지방 고콜레스테롤 식이에 의한 콜레스테롤 축적 증가가 ApoE-/- 마우스의 내장지방 내 유전자 발현 변화에 미쳤을 가능성을 제시하였다.