양식 생물의 배설물은 수생태계 내에서 항생제 내성 발달에 기여한다. 그러나, 어류 분변에 대한 항생제 치료의 영향은 잘 알려져 있지 않다. 따라서 본 연구는 항생제 처리 후, 무지개송어의 분변 미생물 군집의 변화와 회복을 평가하고자 하였다. 이를 위해 무지개송어를 5마리씩 각 그룹으로 나누어 연속 10일간 옥시테트라사이클린(OTC; 75mg/kg body weight/day) 또는 설파디아진/트리메토프림(SDZ/TMP; 30mg/kg body weight/day)이 첨가된 사료를 급이하였고, 항생제 처리 전 (0일), 항생제 처리 후 1, 3, 7, 10일, 그리고 항생제 처리 중단 후 1, 3, 7, 14, 25일에 각 그룹의 분변 샘플을 수집하였다. 분변 미생물 군집은 배양 의존적 방법과 Illumina iSeq 시스템을 사용한 배양 비의존적 방법을 사용하여 조사하였다. 또한, real-time PCR을 통해 분변에 존재하는 항생제 내성 유전자 및 클래스 1 인테그론-인테그라제 유전자(intI1)의 상대적 풍부도를 정량 분석하고, 그들간의 상관관계를 분석하였다. 그 결과, 항생제 처리로 인해 분변에서 배양된 총 균 수가 상당히 감소하였다. 중요한 점은 항생제 처리가 분변 미생물 군집을 방해하였으며, 이러한 변화는 항생제 처리가 중단된 후에도 지속되었다. 또한, OTC 처리는 테트라사이클린 내성 유전자의 상대적 풍부도를 증가시켰고, 설폰아마이드 및 트리메토프림 내성 유전자는 SDZ/TMP 처리 그룹에서 증가하였다. 특히 Flavobacterium, Pseudomonas 및 Streptococcus는 항생제 내성 유전자의 풍부도와 상관관계를 보여 항생제 내성 유전자의 운반체로서 잠재적인 역할을 나타내었다. 결론적으로, 본 연구는 무지개송어의 분변 미생물 군집이 항생제 선택압의 영향을 받아 미생물 구성과 다양성에 상당한 변화가 나타났음을 입증하였으며, 25일의 항생제 처리 중단 기간 이후에도 분변 미생물 군집의 구조와 다양성은 변화를 보였다. 또한, 항생제 내성 유전자와 양의 상관관계가 있는 특정 세균 집단의 증식과 수평적 유전자 전달의 동시 발생은 분변에서 항생제 내성 유전자의 풍부도를 증가시키는 데 기여하였다. 이러한 결과는 어류의 분변이 양식 시스템 내에서 항생제 내성의 전파를 위한 저장소 역할을 할 수 있으며, 어류 장내 미생물 및 항생제 내성의 변화를 예측하기 위한 비침습적 접근 방식을 제공할 수 있음을 시사한다.