Chinese hamster ovary (CHO) cells는 인간의 단백질 구조와 유사한 단백질을 생산하고 다른 동물세포에 비해 세포주 개발의 성공률이 높아 항체의약품과 재조합 단백질의약품의 생산에 자주 사용되는 세포이다. 전통적으로, 의약품을 생산하는 recombinant CHO (rCHO) cell line은 의약품을 암호화하는 transgene을 유전체 내에 무작위로 삽입하는 무작위삽입 (random integration)으로 개발해왔다. 그러나 유전자의 삽입위치에 따른 clonal variation에 의해 clone마다 cell growth, productivity, product quality가 상이하다. 이러한 이유로 미국 식약처 (FDA)에서는 바이오의약품 허가를 심사할 때 cell line의 단일클론성 (clonality)을 요구한다. Cell line의 clonality는 transgene의 삽입위치를 확인하여 근본적으로 규명할 수 있으나, 삽입위치를 확인하는 기존의 방법들은 분석비용이 고가이고 오래 걸리는 단점이 있어 삽입위치를 확인하는 경제적이고 간편한 방법의 개발이 필요하다.
본 연구에서는 polymerase chain reaction (PCR) 및 DNA cloning 기반의 방법인 Alu PCR을 활용하여 CHO cell의 genome 내에서 transgene의 위치만을 선별적으로 파악하였다. Alu PCR은 종 특이적으로 genome 내에서 반복적으로 존재하는 short interspersed nuclear elements (SINEs)와 transgene 사이의 특이적인 증폭을 유도하는 방법이다. 본 연구에서는 세 종류의 SINEs를 활용하여 세 가지의 rCHO cell line에 Alu PCR을 적용하였다. Transgene의 위치분석에 앞서 endogenous housekeeping gene인 cytochrome c oxidase subunit 4 (cox4) gene을 활용하여 Alu PCR의 실험모델을 구축하였다. 이후 각 cell line에 모델을 적용하였고, 두 종류의 rCHO cell line에서 transgene이 각각 chromosome 8의 plekstrin homology domain containing A5 (plekha5)의 intron, chromosome 5의 tetratricopeptide repeat protein 7a (Ttc7a)의 intron에 존재함을 규명하였다. 본 연구를 통해 Alu PCR을 활용하면 신속하고 저렴하게 transgene의 삽입위치를 분석할 수 있는 사실을 확인하였다.