지하수 미생물에 대한 연구들은 주로 병원성 미생물의 검출과 생물학적 정화에 집중되어 있었고, 미생물 군집구조와 미생물 배양에 대한 연구는 상대적으로 적었다. 지하수에 존재하는 난배양성 미생물을 포함한 주요 미생물 개체군을 배양하는 것은 지하수 미생물의 생리학적 역할, 대사적 특징, 생태학적 역할을 이해하는 데 중요하다. 희석-소멸 방법에 기반한 고효율 배양법(High-Throughput-Cultivation based on dilution-to-extinction, HTC)은 수환경에서 우점하는 주요 원핵생물 분류군을 분리하는데 효과적이라는 사실이 해수와 담수 연구를 통해 확인되었다. 이 연구에서는 강원도 양구군에 있는 농업용 관정의 지하수에 존재하는 세균과 고균의 군집을 배양법과 비배양법을 이용하여 분석하였다. 배양법으로는 HTC를 사용하여 각 계절별로 세균을 배양하였으며, 동시에 비배양법으로 지하수에서 직접 핵산을 추출하여 16S rRNA 유전자 amplicon sequencing을 통해 군집구조를 분석했다. HTC를 사용하여 지하수 세균을 배양한 결과 총 9600개의 주입공에서 837개의 세균 순수배양체를 분리하였다. 분리한 세균의 16S rRNA 유전자 분석 결과, 문(phylum) 수준에서 Proteobacteria, Bacteroidetes, Actinobacteria 등에 속하는 다양한 세균들을 확인할 수 있었다. 특히 Kapabacteria, SJA-28, acl 분기군처럼 기존에 지하수에서 전혀 배양되지 않았던 분류군에 속하는 세균들을 분리 배양할 수 있었다. 16S rRNA 유전자의 amplicon sequencing 결과 서로 다른 지하수 시료에서 뚜렷이 구분되는 미생물 군집구조가 관찰되었으며, HTC로 배양된 균주가 풍부도는 매우 낮지만 지하수에 존재하는 것이 확인되었다. 이 연구를 통해 확보한 새로운 지하수 세균은 유전적, 생리적, 기능적 연구의 재료로 활용될 것이다.