우리나라 공기업 자체감사가 과거 법률이나 규정 등의 위반을 지적하는 감사활동에서 벗어나 조직성과 창출에 기여하는 경영의 동반자 역할로 변화하고 있는 점에 착안하여 공기업 자체감사의 조직 및 인력운영의 특성이 조직성과에 어떠한 영향을 미치는지는 대한 실증적인 분석을 실시하였다. 이를 위해 공기업 자체감사와 조직성과에 대한 이론적 근거와 선행연구를 분석하고 35개 공기업을 대상으로 자체감사기구 장의 전문성과 출신배경 그리고 자체감사기구의 특성이 공기업 경영평가결과(경영관리 점수, 주요사업 점수, 평가 총점)와 재무성과(총자산순이익률 · ROA, 매출액순이익률 : ROS, 자기자본이익률 . ROE)에 미치는 영향을 살펴보기 위해 패널데이타 분석을 실시하였다.
통계분석 결과는 다음과 같이 요약할 수 있다. 첫째, 자체감사기구 장의 전문성은 경영평가결과와 재무성과에 영향을 미치는 것으로 나타났다. 자체감사기구 장의 감사 유관업무 전문성은 경영평가결과와 재무성과에 영향을 미치는 것으로 나타났으며, 회계업무 전문성도 경영평가결과와 재무성과에 영향을 미치는 것으로 나타났다. 그리고 유관업무 전문성과 회계업무 전문성을 동시에 갖춘 경우에는 경영평가결과에만 영향 을 미치는 것으로 분석되었다.
둘째, 자체감사기구 장의 출신배경 일부가 조직성과에 영향을 미쳤다. 정치인 출신 의 자체감사기구 장이 경영평가결과에 영향을 미치는 것으로 분석되었다. 정치인, 공무원, 민간전문가, 기업인을 제외한 기타 출신의 자체감사기구의 장은 재무성과에 영향을 미치는 것으로 나타났다.
셋째, 자체감사기구의 특성에 있어서는 감사위원회 운영 여부가 경영평가결과에 영향을 미치는 것으로 분석되었다. 그 밖에 감사실의 인원과 예산은 조직성과에 영향을 미치지 않는 것으로 분석되었다.
이러한 연구분석 결과를 바탕으로 자체감사의 조직성과 제고를 위한 방안으로 자체 감사기구 장의 임용시 전문성과 능력을 갖춘 인물을 임용할 수 있는 임용시스템을 재정비하고, 감사위원회 역할을 보완할 수 있는 자체감사의 이사회 참여기능 활성화, 적 극행정 실현과 자체감사 컨설팅 기능확대 등을 제시한다.