본 연구는 합병사를 관계사와 비관계사로 구분하여 합병사 이사회 합병결의 반대의사표시와 주식매수청구권 행사 시 합병사 소수주주의 대응을 분석하였다. 2005년부터 2013년까지 한국거래소에 상장된 합병사를 조사한 결과 합병사 소수주주의 주식매수청구권 행사율(이사회 합병결의 반대의사표시율)은 합병사가 관계사인 경우 합병사의 초과누적수익률(CAR) 및 기업규모와 음의 관계를, 주식매수청구종료(이사회 합병결의 반대의사표시 종료)-2일 종가대비 주식매수청구가, 지배주주지분율, 외국인지분율과는 양의 관계를 보였고, 합병사가 비관계사인 경우 합병사의 주식매수청구종료(이사회 합병결의 반대의사표시 종료)-2일 종가대비 주식매수청구가, 기업규모와 양의관계를 보였다.
이는 합병사 소수주주가 관계사인 경우 합병사 합병의 효율성 혹은 음의 이익조정을 통해 발생하는 지배주주 터널링에 대한 부의 손실 보전, 단기 주가변동에 따른 차익, 기업규모(합병의 효과를 긍정적으로), 주식매수청구가에 영향을 주는 지배주주지분율, 외국인지분율, 비관계사인 경우 합병사 단기 주가변동에 따른 차익, 기업규모(합병의 효과를 부정적으로)에 따라 이사회 합병결의 반대의사표시 및 주식매수청구권을 행사하는 것으로 해석된다.
본 연구는 관계사 합병 시와 비관계사 합병 시 합병사 소수주주의 이사회 합병결의 반대의사표시 및 주식매수청구권 행사 결정요인에 차이가 나며 소수주주는 합병양사에 미치는 지배주주의 영향력 유·무에 따른 합병사의 차이점을 인식하고 주식매수청구권제도를 이용하여 지배주주 포함로부터 보호받고 있으며 특히, 관계사의 경우 지배주주의 터널링에 대한 부의 손실 보전 관점에서 소수주주 보호효과가 더 분명하게 나타남을 제시하였다.