본 연구는 많은 참고자료와 사례를 바탕으로 우리나라 세무행정을 이끌어 가는 핵심중 하나인 특수관계인 제도와 부당행위계산 부인규정의 문제점을 알아보고 합리적인 개선방안에 대하여 제안하는 것을 목적으로 한다. 본 연구의 결과를 요약하면 다음과 같다.
첫째, 시가를 판단함에 있어 상속세및증여세법의 보충적 평가방법은 법인세법과 입법취지도 다르고 법인세법에서 시가를 준용하는 데도 한계가 있으므로 국세기본법에서 통합하고 개별 자산별로 시가 평가방법을 규정하는 방안을 제안하였다. 둘째, 특수관계인의 범위를 지나치게 확대하게 되면 헌법에서 보장하는 재산권과 충돌할 수 있으므로 합리적인 범위로 조정이 필요하다. 또한, 법인세법 기본통칙 52-88-3의 5호 정부의 지시를 어디까지로 볼 것인지 규정을 보완해야 할 필요성을 설명하였다. 셋째, 부당행위를 판단하는 중요한 의미를 가지는 경제적 합리성의 기준 설정을 제시하여 합목적적인 과세를 위한 기반을 조성해야 한다. 넷째, 일감 몰아주기와 관련하여 대기업과 중소·중견기업의 정상거래비율(30%)과 공제율(15%)에 차등을 주어 상향조정하는 방안과 세후 영업이익을 기초로 과세하는 게 타당한지 검토해야 하고 경제적 합리성에 부합되면 특례규정을 두어 납부의무를 면제해주는 것이 바람직하다. 다섯째, 과거 해외 자회사 지급보증수수료를 계산함에 있어 정상가격결정모형을 적용하면 국세기본법의 소급과세원칙에 부합되지 않는다.
좀 더 구체적인 개선방안을 마련하기 위해서는 충분한 실증분석 등 추가적인 연구가 이루어져야 하고 정부와 과세관청은 투명성과 공정성을 위하여 명확한 규정을 신설하고 보완할 필요가 있다.