우리나라 대학 중 약 80%를 차지하는 사학기관의 운영재원 대부분은 등록금 수입으로 조달되고 있으며 법인전입금 비율은 무척 저조하다. 이는 대학의 등록금 인상으로 이어져 결국 교육의 불평등을 심화시켜 국가 발전을 저해하게 된다. 대학 운영의 모체인 학교법인의 재정이 건전해야 대학 재정이 건전할 수 있기 때문에 부실한 학교법인의 운영을 방지하고자 마련된 법적인 장치가 학교법인의 수익용기본재산 제도이다.
대학설립·운영규정 제2조에 따르면 대학을 설립하고자 하는 자는 수익용기본재산을 일정기준 이상 확보해야 하고, 학교법인은 그가 설립·경영 하는 대학에 대하여 매년 수익용기본재산에서 생긴 소득의 80% 이상에 해 하는 가액을 대학운영경비로 충당하여야 한다. 학교법인이 국가를 대신하여 교육이라는 공익사업을 수행하고 있는 만큼, 지속적이고 안정적인 교육투자가 이루어질 수 있도록 강제적인 의무규정을 두고 있는 것이다.
2009년 대학법인의 수익용기본재산 확보율은 기준액 대비 52.4%였고 수익용기본재산을 기준액 이상 확보하고 있는 학교법인은 30.9%에 불과했다. 수익용기본재산을 확충하기 위하여 각 학교법인은 수익사업 발굴, 저 수익성 부동산의 개발 및 기부문화 활성화 등의 노력을 기울이고 있다. 이러한 노력에 비해 현행 세제는 학교 교육활동 등 일부에 대해서만 비과세·감면하고 있을 뿐 전반적으로 학교법인의 특수성을 인정하지 않아 학교 법인의 수익활동에 대해서는 다양한 과세 및 규제조항을 두고 있다. 본 연구에서 제시하는 세제 개선방안을 요약하면 다음과 같다.
기본재산의 확충 단계에서는 다음과 같다.
첫째, 법인세법과 소득세법상의 법정기부금의 대상에 '사립학교' 외에도 '학교법인'을 추가하여야 한다. 법인세법상 사립학교에 대한 법인기부금의 손금한도는 50%이고 조세특례 제한법 에서 대학기부금에 대해 한시적으로 100% 손금을 인정하고 있다. 조세특례제한법의 일몰기한을 연장 또는 폐지하고 더 나아가 법인세법을 개정하여 사립학교 및 학교법인에 대한 법인 기부금의 손금한도를 영구히 100%로 확대하여야 한다.
개인기부금에 대해서는, 사회환원기부신탁 제도의 대상을 금전신탁 외에 주택·건물·부동산 등으로도 확대하여야 한다. 또한 소득세법상 소득공제 되고 있는 사립학교 기부금에 대해서는 일정한 한도 내의 소액 기부금에 대해 세액공제 방식을 적용하고 한도 초과분에 대해 소득공제하여야 한다.
둘째, 민간자본유치사업에 대해 사립대학도 국·공립대학과 동일하게 건설용역에 대해 영세율이 적용되도록 조세특례제한법을 개정하고 조세특례 대상에 BTO 뿐 아니라 BTL 방식도 포함시켜야 한다.
셋째, 공익법인이 출연받은 주식의 지분율이 5%를 초과할 경우 초과분에 대해 증여세가 과세되는데, 학교법인의 자금운용을 다변화하여 수익성을 제고할 수 있도록 주식출연 한도 기준을 완화시켜야 한다.
기본재산의 운용 단계에서는 다음과 같다.
첫째, 고유목적사업의 이자소득에 대해 법인세를 비과세하고 수익사업의 이자소득에 대해서는 과세하되 원천징수제도를 폐지하여야 한다. 조세특례 제한법에서 한시적으로 전액 손금 인정하고 있는 사업소득에 대해서는 이자소득 및 배당소득과 마찬가지로 영구적으로 전액 고유목적사업준비금 설정이 가능하도록 하여야 한다. 학교 부설 평생교육원의 교육서비스 운영수입을 법인세법상 수익사업의 범위에서 제외하여야 한다. 학생을 위한 후생 복지매장의 위탁운영수입을 법인세법상 수익사업의 범위에서 제외하여야 한다.
둘째, 종합부동산세법의 입법취지를 고려해 볼 때 학교법인의 수익용기 본재산에 대한 종합부동산세는 비과세되어야 한다.
셋째, 산학협력단과 기술지주회사가 출자하는 기술평가금액에 대한 출자 차익에 대해 익금 대상에서 제외하고, 기술지주회사와 자회사가 자기주식을 처분하여 발생하는 이익을 산학협력단의 업무나 대학의 연구활동에 사용하는 경우 비영리법인의 성격을 인정하여 고유목적사업준비금의 설정이 가능하도록 해주어야 한다. 산학협력단에서 기술지주회사로 기술을 현물출자시 납부해야 하는 부가가치세도 면제해 주어야 한다. 기술지주회사의 설립취지와 공익성을 고려하여 각종 지방세를 감면해주는 조치가 필요하다.
기본재산의 처분 단계에서는 다음과 같다.
첫째, 수익용기본재산 대체취득시 토지나 건축물의 양도일로부터 1년 이 내에 기본재산을 대체취득하는 경우 한시적으로 양도차익을 과세하지 않는 과세특례의 일몰규정을 폐지하여 영구적인 지원으로 전환하여야 한다. 학교법인이 기부받은 토지 뿐 아니라 기부받은 주택도 양도소득에 대한 중과세 대상에서 제외해 주어야 한다.
둘째, 해산·합병에 따른 잔여재산 이전에 대한 증여세 비과세 등 사립대학의 통폐합과 구조조정을 지원해주어야 한다.