현대사회는 국가의 사회적 책임이 매우 강조되고 공익적 부문의 역할이 확대되어지고 있다. 그러나 정부의 지출만으로는 모든 공익적 부문의 역할을 수행하는 것은 어려움이 있고 많은 부분을 민간의 참여에 의한 이행에 기대하고 있는 실정에서 공익적 사업을 수행하는 비영리공익법인의 역할 또한 중요한 사회의 한 분야에 속하고 있으며, 정부는 이러한 비영리법인에 대하여 세제상 우대를 하여 비영리법인이 공익적 목적의 고유사업을 수행하는 것을 간접적으로 도와주고 있다. 그러나 이러한 비영리법인의 지위와 역할이 커지는 만큼 그 운영에 있어서도 매우 도덕적이고 투명한 관리가 요구되는 것이다.
많은 세제상 혜택을 누리면서도 불특정다수에 대한 분배가 아니라 사적사유의 확대에 기여하거나 특정기업의 이익을 증가시키는 불공평한 행위를 하게 되면 비영리법인에 대한 지원이 특정계층이나 기업에 대한 지원이 되는 결과를 초래하여 오히려 사회적 기회비용이 그만큼 더 발생하는 효과를 가져 오게 할 수도 있다.
본 연구에서는 이러한 비영리법인에 대한 현행 세법상의 제반 규정들을 살펴보고 비영리법인의 활동이 활성화되도록 비영리법인에 대한 각 세법 간 규정의 범위의 같은 점과 다른 점 등에 대한 합리적 개선 방안 및 세제상 규제의 완화나 지원의 확대가 필요한 부분과 비영리법인의 회계 투명성을 제고할 수 있는 세무관리 강화 방안 등에 대하여 그 개선방안을 제시하고자 하였으며 본 논문의 결론을 요약하면 다음과 같다.
첫째, 법인세법상 지정기부금 대상 단체와 상속세 및 증여세법상 공익법인의 범위를 공익비영리법인으로 통일하여 세제지원에 일관성을 유지해야 할 것이다.
둘째, 고유목적 사업 준비금의 손금산입 대상이 되는 “법인으로 보는 단체”의 범위를 확대하여야 할 것이다.
셋째, 현행 네 종류의 기부금제도를 두 가지로 단순화하고 기부금대상 단체를 확대하여야 하며 법인과 개인사업자간이 차별을 없애야 할 것이다.
넷째, 공익법인이 특수 관계 법인의 주식 보유 한도를 5%로 제한한 것은 그 규정을 폐지하여야 할 것이다.
다섯째, 우리나라도 미국과 같이 비영리법인의 설립 시뿐만 아니라 설립 후에도 사업 활동의 내용에 대한 공익성을 판단하는 객관적인 기준의 도입과 공익성 검증 과정의 투명성을 보장하는 제도적인 장치를 갖추어야 할 것이다.
여섯째, 공익법인에 대한 외부전문가의 세무확인 검사 대상의 범위를 넓혀야할 것이다.
본 논문은 문헌연구를 통하여 실무적 관점에서 우리나라의 비영리법인에 대한 조세제도의 문제점과 개선방안을 제시하였으나 이들 개선방안이 구체적으로 기부와 세수에 공헌하는 점과 영향을 미치는 부분에 대하여는 실증적 연구와 분석이 이루어지지 못하였다.