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표제지
요약
목차
I. 서론 10
II. 관련 연구 14
1. NGS(Next Generation Sequencing) 14
2. PCR(Polymerase Chain Reaction) 16
3. BWA(Borrow-wheeler Alignment Tool) 18
4. SAM 파일 형식 20
5. 중복 제거 기법 21
1) ParDRe 21
2) SAMBLASTER 22
6. 스파크 및 스파크 스트리밍 24
1) 스파크 24
2) 스파크 스트리밍 26
III. SDedup(Spark Streaming based De-duplication for DNA Reads) 28
1. SDedup 개요 28
2. 중복 제거 절차 31
1) 마이크로 배치 데이터 수신 32
2) Duplicate 검출을 위한 형태로 변환 32
3) Duplicate 검출 33
3. SDedup 구현 35
IV. 성능평가 37
1. 실험 환경 37
2. 성능 평가 방법 37
3. 실험 결과 39
V. 결론 41
참고문헌 43
Abstract 46
표 2-1. SAM 파일 형식의 필수 항목 20
표 2-2. 스파크에서 사용하는 RDD 연산 25
표 3-1. SAM 형식에 따른 클래스 구조 33
표 3-2. 제안하는 방법 알고리즘 35
표 3-3. 제안하는 중복 리드 검출 방법 알고리즘 36
표 4-1. 노드 별 사양 37
표 4-2. 실험 Dataset 크기 39
표 4-3. 실험 결과 40
그림 1-1. 제안하는 기존 도구 한계점 개선 방법 12
그림 2-1. NGS 파이프라인 15
그림 2-2. PCR에서 유전체 증폭 준비 과정 16
그림 2-3. PCR에서 유전체 증폭 과정 17
그림 2-4. PCR에서 유전체 데이터를 읽는 과정 17
그림 2-5. 레퍼런스 게놈 및 PCR 결과 데이터 18
그림 2-6. BWA index 수행 19
그림 2-7. SAMBLASTER에서 시그니쳐 계산 과정 23
그림 2-8. 맵 리듀스와 스파크 성능 비교 24
그림 3-1. 제안하는 중복 리드 검출 과정 28
그림 3-2. 기존 파이프라인 도구 간 입·출력 29
그림 3-3. 제안하는 중복 데이터 처리 방안 29
그림 3-4. SDedup을 위한 클러스터 구성도 30
그림 3-5. 마이크로 배치 입력 처리 과정 31
그림 4-1. 성능 평가 진행 과정 38
그림 4-2. 성능 평가를 위한 수행 시간 측정 방법 38
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