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Title Page
Contents
ABSTRACT 8
I. INTRODUCTION 10
II. MATERIALS AND METHODS 13
1. Patients and samples 13
2. Isolation of RNA 14
3. Gene expression microarray 15
4. MicroRNA microarray 15
5. Protein expression assay 16
6. Analysis of microarray data 18
7. Quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (qRT-PCR) 18
8. Tissue microarray construction and immunohistochemical assay 18
9. Statistical analysis 19
III. RESULTS 20
1. Gene expression microarray established gastric cancer subgroups C1 and C2 20
2. MicroRNA expression profile of gastric cancer 22
3. Aberrant microRNA expression in C1 and C2 patients 24
4. Validation of microRNA expression by qRT-PCR 25
5. Correlation between HOXA10 and miR-196b expression 25
6. Protein expression profile of gastric cancer 28
IV. DISCUSSION 30
V. CONCLUSION 36
REFERENCES 37
ABSTRACT (IN KOREAN) 44
Table 1. Clinicopathologic factors of patients with gastric cancer participating in the array analysis 13
Table 2. 124 probes of RPPA 17
Table 3. microRNAs differentially expressed in gastric cancer tissues; non-cancer tissue and C1 and C2 groups (P〈0.05) 30
Figure 1. Two prognostic groups of patients with gastric cancer, C1 and C2, have distinct mRNA expression patterns. 21
Figure 2. Poor prognosis-related transcription factors in gastric cancer. 21
Figure 3. Hierarchical clustering analysis of microRNA 22
Figure 4. Identification of poor prognosis-related microRNAs. 23
Figure 5. Four microRNAs expressed differentially in gastric tissues. 24
Figure 6. Expression level of miR-196b and miR-135b in gastric cancer and non-cancer tissues. 25
Figure 7. miR-196b and HOXA10 are neighbor genes and located on chromosome 7p15.2. 25
Figure 8. Correlation between miR-196b and HOXAs, and prognostic value. 26
Figure 9. Representative image from the HOXA10 IHC assays of gastric cancer tissues. 28
Figure 10. Protein expression pattern of gastric cancer and non-cancer gastric tissues depicted using a heat map. 29
초록보기 더보기
위암에는 다양한 임상적, 생물학적인 경과를 보이는 아형들이 있다. 이전 연구에서는 위암의 양호하거나 불량한 예후와 연관성이 높은, 두 가지 유전자 발현형을 규명하였다. 본 연구에서는 이러한 두 유전자 아형간의 분자 생물학적인 차이를 심화 분석하기 위하여 유전자, microRNA, 그리고 단백의 발현을 함께 통합 분석하였다. 위암환자의 조직으로부터 유전자, microRNA와 단백 발현형을 획득하고 분석하기 위해 어레이 기법이 사용되었다. 위암과 비-위암 위조직간의 microRNA와 단백의 발현형을 비교하였고, 예후가 다른 두 군간에서도 발현형을 비교하였다. 불량한 예후를 보이는 위암 군에서 특이적인 발현을 보이는 microRNA와, 이와 관련되어 발현의 변화를 보이는 유전자를 각각 정량적 역전사 중합효소반응과 면역화학 염색법으로 검증하였다. 4개의 microRNA가 예후가 다른 두 위암 군에서 상이한 발현 양상을 보였고, 이들은 위암과 비-위암 위조직간에도 통계학적으로 의미 있는 발현의 차이를 보였다. 불량한 예후군에서 miR-196b, miR-135b, 그리 고 miR-93의 발현은 증가되었고, miR-29c*의 발현은 감소되었다. miR-196b의 발현은 HOXA10의 발현과 양의 상관관계를 보였고 둘 모두 불량한 예후군에서 상당히 증가되어 있었다. 한편, 어레이 기법을 이용하여 124개의 단백 발현을 검사한 결과, 위암과 비-위암 조직에서는 46개의 단백 발현이 통계학적인 차이를 보였고, 특히 COX-2와 cyclin B1이 불량한 예후군에서 명백하게 발현이 증가되어 있었다. 본 연구를 통해, 전사체 발현의 통합적인 분석은 종양에 대한 분자생물학적인 이해를 증진시킨다고 여겨진다. 결론적으로, miR-196b와 HOXA10의 동반 과발현은 불량한 예후를 갖는 위암을 특징 지우며, 이와 관련하여 향후 조혈모세포와 위암의 발생 및 진행의 연관성에 대한 심화연구가 필요하며, HOXA10은 위암의 진행과 예후에서 중요 조절인자로 생각된다.
원문구축 및 2018년 이후 자료는 524호에서 직접 열람하십시요.
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