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표제지
목차
요약 5
Abstract 6
I. 서론 8
II. 이론 13
1. QSAR (Quantitative Structure-Activity Relationship) 13
(1) QSAR의 발전과정 14
(2) 3D-QSAR 18
2. CoMFA and CoMSIA 19
(1) CoMFA (Comparative Molecular Field Analysis) 19
(2) CoMSIA (Comparative Molecular Similarity Indices Analysis) 20
III. 계산방법 29
1. Data set for analysis 29
2. Crystal structures 31
3. Calculation Method 32
a. Ligand minimization method 32
b. Subset minimization method 33
4. Alignment 36
a. Structure-based QSAR alignment 36
b. Ligand-based QSAR alignment 37
5. Calculation of CoMFA descriptors 38
6. Calculation of CoMSIA descriptors 38
IV. 결과 및 고찰 39
1. Structure-based CoMFA & CoMSIA 39
2. Ligand-based CoMFA and CoMSIA 48
3. Structure-based QSAR vs. Ligand-based QSAR 50
V. 결론 52
VI. 참고문헌 53
표 1. 연도별 에이즈(HIV/AIDS) 감염인 보고현황(2005. 9월말 현재) 8
표 2. Diaryltriazine 유도체 training set의 구조와 활성 30
표 3. Diarylpyrimidine 유도체 training set의 구조와 활성 31
표 4. Structure-based CoMFA and CoMSIA 계산 결과 40
표 5. Structure-based QSAR에서 training set의 실제활성과 예측값 (pIC50)의 비교. Model 1 (CoMFA 1.0 A) 과 Model 2 (CoMSIA 2.0 A , S+E+H) . 42
표 6. Structure-based QSAR에서 test set의 실제활성과 예측값 (pIC50)의 비교. Model 1 (CoMFA 1.0 A) 과 Model 2 (CoMSIA 2.0 A , S+E+H). 45
표 7. Ligand-based CoMFA and CoMSIA 계산 결과 49
그림 1. HIV 복제 과정. 9
그림 2. NNRTI 화합물들의 구조. 12
그림 3. Diarytriazine 유도체(R106168)와 Diarylpyrimidine 유도체(Dapivirine) 12
그림 4. Molecular spreadsheet 14
그림 5. CoMFA 수행 과정 20
그림 6. HIV-RT와 Dapivirine의 cocrystral 구조(PDB name=1S6Q). 32
그림 7. Minimization method의 비교. (a) Tripos Force Field with Gasteiger-Huckel charge, (b) AM1 method with AM1 charge, (c) MMFF94 Force Field with MMFF94 charge 33
그림 8. Subset minimization. (a) 붉은색은 HOT area, (b) 녹색은 INTERESTING area, (c) 보라색은 OUTER area 이다.[원문오류;p.28] 35
그림 9. 두 가지 subset minimization 방법의 비교. (a) enzyme backbone을 고정한 경우, (b) enzyme backbone을 고정하지 않은 경우 35
그림 10. Structure-based QSAR로 정렬된 38개의 training set 분자들 36
그림 11. subset minimization된 38 training set 분자들이 ALA62~LYS66을 중심으로 정렬됨. 37
그림 12. Ligand-based QSAR로 정렬된 38개의 training set 분자들 37
그림 13. 실제활성과 예측값의 비교. (a) Model 1 (CoMFA 1.0 A), (b) Model 2 (CoMSIA 2.0 A , S+E+H). 43
그림 14. contour map에서의 CoMFA steric field와 binding site residues. 46
그림 15. contour map에서의 CoMFA electrostatic field와 binding site residues. 46
그림 16. contour map에서의 CoMSIA steric, electrostatic field와 binding site residues 47
그림 17. contour map에서의 CoMSIA hydrophobic field와 binding site residues. 48
그림 18. Structure-based dapivirine과 Ligand-based dapivirine의 비교 (a) 붉은색은 Structure-based dapivirine, 녹색은 Ligand-based dapivirine이다. 자주색은 HIV-RT의 51
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