감사원의 직무감찰은 국가권력에 대한 통제와 부정부패를 척결하며 공직기강을 바로 세움
으로써 국가전체 감사활동에 있어 중요한 역할을 담당하고 있다. 직무감찰의 내용으로는
합법성 감사 외에 합목적성 감사가 있다. 「지방자치분권 및 지방행정체제개편에 관한 특별법」
의 제정으로 지방자치단체의 사무는 위임사무가 폐지되고 자치사무만 있으므로 지방자치단체의
자치사무에 대해서는 자치권의 본질을 침해 할 수 있으므로 중앙행정기관의 합목적성 감사를
부정하는 것이 타당하다. 직무감찰 중 대인감찰은 민주적 통제와 책임성을 확보하기 위하여
직무감찰의 범위를 확대하고 행정사무감찰의 목적은 회계검사의 성과감사와 밀접한 관련성
을 가지므로 행정사무감찰은 회계감사와 결합하는 것이 바람직하다. 최근 국민권익위원회
및 선거관리위원회와 감사원 간의 충돌 및 감사기관 간의 감사중복으로 인한 폐해가 발생하고
「공공감사에 관한 법률」 및 「지방자치분권 및 지방행정체제개편에 관한 특별법」등의 제정으로
감사환경 및 행정환경은 급변하고 있으므로 기존 감사제도의 개혁은 더 이상 미룰 수 없다.
따라서 감사원의 최고감사기관으로서의 지위를 강화하면서도 내부통제제도인 자체감사를 강화
하고 감사원은 후견적 감사로 전환하는 것이 바람직하며, 감사기관 간의 충돌에 대해서도 감
사원은 최고감사기관으로서 협의와 조정을 하도록 입법적 개선을 하였으면 한다. 감사원의 감찰
결과의 실효성을 확보하기 위해서는 직무감찰의 직무상 · 정치상 · 행사상 · 범위의 한계를 극복
하고 재정신청권, 기소배심권, 수사권 등을 고려하여야 한다고 본다. 또한 자체감사를 비롯한
감사기관은 정보의 제한 없는 접근권 보장과 감사 지적사항 의회나 일반국민 보고 및 감사
결과처분실태 점검, 감사 모니터링 등의 제도적 장치를 마련하는 것이 필요하다. 하지만
감사원의 직무상 독립성이 보장 되지 않는다면 감사원의 후견적 감사제도의 정착과 실효성도
확보될 수 없고 최고감사기구로서 협력과 조정의 기능을 원활히 수행할 수 없을 것이다.