형사소송법 제106조 제3항 본문은 압수의 목적물이 정보저장매체인 경우 혐의와 관련된 전자정보만 선별적으로 압수함을 원칙으로 하나, 동항 단서는 원칙적 방법이 불가능하거나 압수 목적을 달성하기에 현저히 곤란한 경우 예외적으로 정보저장매체압수를 할 수 있다고 규정하고 있다. 그러나 이렇듯 법 문언에서 명시적으로 정보저장매체 ‘압수’를 규율하고 있음에도 판례나 일부 선행 연구에서는 이를 ‘반출’로서 이해하며 그로 인해 ‘압수’와 ‘반출’이 혼용되어 실무상 혼동을 야기하는 경우가 빈발한다.
위와 같이 제106조 제3항 단서 규정을 ‘반출’ 규정으로 이해하는 견해는 정보저장매체 자체의 ‘압수’는 제106조 제3항이 아닌 동조 제1항에 의하게 된다고 주장한다. 그러나 제1항은 저장된 정보와 무관하게 매체가 일반적인 물건으로서 압수의 대상이 되는 경우에는 적용될 수 있겠지만, 정보를 저장하는 매체로서의 특성 때문에 압수 대상이되는 경우를 규율하지는 못하며 따라서 압수의 실질을 따져 그 근거 조항을 달리 볼필요가 있다.
즉 저장된 정보로 인하여 정보저장매체가 압수의 대상이 될 경우에는 형사소송법 제106조 제3항 단서를 그 근거 조항으로 보아야 하며, 정보저장매체로서의 압수는 그안에 저장된 전자정보의 압수를 전제로 하므로 압수의 효력은 전자정보에까지 미친다고 보아야 하는데, 다만 전자정보와 관련하여서는 여전히 동항 본문이 적용되므로 그 효력 범위는 혐의와 관련된 것에 그친다.
한편 제106조 제3항 단서의 사유를 압수 사유로 보게 될 경우 이를 반출 사유로서 인용하는 현재 사법 실무와의 충돌이 불가피하다. 그러나 ‘압수 현장’에서 선별 압수가 불가능하거나 그로써 압수목적을 달성하기 곤란한 경우는 반출 사유로, ‘압수 현장인지를 불문하고’ 선별압수가 불가능하거나 압수 목적을 달성하기 곤란한 경우는 압수사유로 이해한다면 실무와 조화를 이루면서도 법 문언에 부합하는 해석이 가능해진다.
이때 소위 ‘잘라내기 방식’의 압수가 가능하다고 한다면 많은 경우에 매체 압수 없이도 압수 목적 달성이 가능해질 것인데, 현행법상으로는 전자정보 압수 방식으로서 잘라내기 압수를 가능케 하는 정보 삭제 또는 이전 등이 명시되어 있지 않다. 다만 형사소송법 제130조 제2항의 압수물 폐기 규정에 의해 가능하다고 해석할 여지가 있으나 뚜렷한 한계가 있으므로 가급적 신속히 관련 규정을 개정할 필요가 있다.