1997년 말 외환위기로 금융부실문제를 정상화시키기 위하여 금융구조조정 등에 자금이 지원되었는데 이를 통상적으로 공적자금의 지원이라고 한다. 현재 공적자금은 2000년 12월에 제정된 공적자금관리특별법에서 정한 공적자금(I)과 2009년 5월 개정된 공적자금관리특별법에 따른 구조조정기금으로서의 공적자금(II)로 구분되고, 2008년 2월 금융위원회의 설치 등에 관한 법률 개정에 따라 이에 대한 관리업무를 금융위원회가 맡고 있다.
공적자금의 순환은 자금의 조성, 지원, 회수, 상환 및 사후관리인 5단계를 거치게 된다. 공적자금은 예금보험공사와 자산관리공사가 발행한 채권을 정부가 보증하는 방식으로 공공차관 또는 국유재산 등에서 조달한 공공자금으로 조성된다. 문제는 공적자금이 원칙에 맞지 않게 회수와 상환과정을 거치면 그 최종적인 책임은 정부가 지게 되고, 이는 고스란히 국민부담으로 된다. 더욱이 공적자금의 상환계획기간인 25년을 넘긴다면 공적자금 수혜세대와 상환세대가 달라져 세대갈등의 요인이 될 수 있다. 그러므로 공적자금의 회수 및 상환은 매우 엄격하게 이루어져야 한다.
현재 공적자금의 회수 절차에서는 회수율에 왜곡이 심각하다. 회수금액은 원리금이 아닌 원금을 기준으로 하고 있고 실제로 시간가치가 고려되고 있지는 아니하다. 또한 출자방식으로 한 공적자금의 지원의 경우 수령한 배당금도 공적자금 회수에 포함하고 있어 이에 대한 적절성이 문제가 된다.
또 다른 문제점으로는 2002년 ‘제1기 공적자금관리위원회’ 기간에 공적자금의 회수와 관련하여 그 상환의 불확실성이 있다고 판단하고 상환대책을 마련하였는데 당시 정부는 공적자금의 회수가 용이하지 않다고 추정되는 부채 69조원 중 재정과 금융회사 분담비율을 각각 49조원과 20조원으로 나누어 분담하는 것으로 정하고, 매 5년마다 이를 재산정하도록 한 바 있다. 그런데 최근 논의를 보면 초기와는 다른 시장환경이 조성되었음에도 불구하고 국가재정의 의존도가 높은 49:20을 고수하려는 것은 문제가 있다.
공적자금 상환과 관련하여 가장 큰 문제는 공적자금 지원의 주원인이 은행권에서 발생한 것인데 공적자금 상환부담이 보험권에 과중하다는 것이다. 현행 보험권 예금보험료 및 상환기금 특별기여금의 산정체계는 은행 등 타 금융업권 대비 불합리한 요소들이 있어 이에 대한 시급한 수정이 불가피하다. 이상의 문제점은 합리적인 근거와 형평성의 제고 차원에서 다시 논의되어져야 한다.