대부분의 학교효과 연구는 주로 인지적 영역에 국한되어 특정 교과의 점수를 준거변인으로 활용하고 있다. 그러나 일반적으로 정의된 학교효과가 특정 교과의 성취와 동일시 될 수 있는가의 문제로 인해 학교효과 연구 자체의 타당도가 위협받고 있는 것이 현실이다. 학교의 책무성이 강조되고 학교효과연구에 대한 관심이 고조되고 있는 현시점에서 준거변인의 대표성 확보를 통해 학교효과연구의 타당성을 제고하기 위한 노력이 필요하다. 이를 위한 첫 단계로 하나의 교과가 아닌 여러 교과의 성취를 통합하여 학교효과의 준거로 적용하는 방안이 고려될 수 있다. 다만 다교과 준거를 적용하기에 앞서 일정 수준 이상의 교과간 일관성이 유지되는가를 검토해 보아야 한다. 이에 본 연구에서는 교과간 학교효과의 일관성이 유지되는가를 검토하고, 학교 급별 일관성 정도의 차이를 비교하였다. 그 결과, 모든 학교급에서 학교수준의 일관성은 .7~.9 정도로 높게 나타났으며, 연도별 비교에서도 안정적인 결과를 보였다. 이에 다교과(multi-discipline)를 학교효과 준거변수로 적용하는 다변량 다층모형(multivariate multilevel model)을 적용하여 기존 단변량 분석과 비교함으로써 다변량 분석의 장점과 특징을 파악하고자 하였다. 향후 본 연구를 통하여 다양한 교과의 성취 및 정의적 성취가 포함된 포괄적인 학교효과모형 수립이 활발히 논의되기를 기대한다.