1928년 항생제 발견 이후로 지속되는 항생제 사용은 항생제 내성균 분리를 심화시키고 있다. 이는 낙농 산업에서도 마찬가지고 젖소 질병을 치료하기 위해 항생제를 사용하고 있다. 젖소 질병 중 유방염의 가장 문제되는 원인균은 Staphylococcus aureus로 전체 분리균 중 약 20% 높은 비율로 분리된다. 현재 우리나라에서 시행되고 있는 인증제 중 유기농 인증제는 항생제 사용을 금지하고 유기 사료를 가축에게 급여하는 등 가축 사육 단계부터 가공까지 환경친화적인 인증제이다. 일반 젖소 농장은 젖소 건유기 시점부터 예방 차원으로 항생제 치료를 진행하여 유기농 인증 젖소 농가보다 항생제 내성 수준이 더 높은 것이라 생각된다. 따라서 유기농 인증 젖소 농장과 일반 젖소 농장에서 황색포도상구균을 분리하여 항생제 내성 수준을 비교하였다.
그 결과 포도상구균속은 159주가 분리되었고 이 중 생화학 검사를 통해 26주의 S. aureus를 최종 동정하였다. 항생제 디스크 검사는 총 9종의 항생제를 검사하였으며, 이중 베타-락탐 계열 항생제인 ampicillin과 oxacillin의 내성 수준을 유기농 젖소 농장과 일반 농장에서 각각 전체의 34.62%, 15.38%의 내성을 나타내었다. 또한 PCR 분석을 통해 mecA 검출을 진행하였고 분리된 모든 S. aureus에서 메티실린내성황색포도상구균 유전자가 있음을 확인하였다. 이는 유방염 감염 시 유기농 인증 농가라 하더라도 가축 치료를 위해 항생제를 사용하고 있음을 알 수 있다. 젖소 농장의 감염병 예방 차원의 항생제 사용은 내성 수준을 더욱 가속화시키기 때문에 질병 치료에 대해 정확한 진단과 알맞은 약제의 사용이 필요하다.