공익법인은 국가가 감당해야 할 공익사업의 일정부분을 담당하고 있다. 그럼에도 불구하고 공익법인은 조세회피 수단이나 부의 세습 수단으로 악용된다는 비판을 받고 있고, 이 때문에 공익법인은 공익사업을 위한 기금 확보가 어려운 상황이다.
공익법인이 위와 같이 비판받는 이유는 첫째, 현행법상 공익법인 설립 허가가 행정관청의 재량적인 판단으로 결정되고 세무상 공익법인의 경계가 불분명하여 공익법인, 비영리법인, 비영리단체의 구분 없이 동등한 조세 혜택을 부여하고 있기 때문이다. 둘째, 공익활동의 성과에 따른 조세 형평성이 제대로 이루어지지 않기 때문이다. 셋째, 주식 보유에 대한 사후관리가 부족하기 때문이다. 향후 세무상 공익법인의 공익성과 투명성 평가를 통하여 공익법인을 단계별로 구분하고, 그에 맞게 조세 혜택을 차별화하고 의무도 강화할 필요가 있다.
본 연구에서는 이를 해결하기 위하여 우리나라의 조세법상 공익법인의 설립기준과 공익성 평가 및 조세법상 조세 혜택 등을 연구하였다. 또한, 해외 주요 국가의 공익법인 과세제도를 검토하여 조세법상 공익법인 체계구성과 공익성 검증 평가 방법, 공익성에 따른 과세 형평성, 독립적인 공익성 검증기관 설립, 주식출연 과세체계의 개선안을 도출했다. 본 연구의 주요 내용은 다음과 같다.
첫째, 민법, 공익법인법, 비영리민간단체법 등 설립 근거법상 공익법인과 법인세법, 상속세 및 증여세법 등 조세법상 공익사업의 범위를 조세법상 공익법인의 형태로 재구조화하여 국세기본법에 일원화하고 타 세법에서 인용하도록 하는 방안을 제안한다.
새로운 명칭은 "세무비영리단체", "세무비영리법인", "세무공익법인"으로 정하고 법인을 평가하여 일정 점수 이상을 얻으면 상위법인으로 승급하고, 일정 점수 이하를 받으면 하위법인으로 강등하는 방안을 제안한다. 이를 위한 전제조건으로 비영리법인 설립기준을 현재의 허가주의에서 인가주의로 변경할 필요성을 주장하였다.
둘째, 공익법인에 대한 공익성 평가를 객관화·투명화 할 수 있도록 세무비영리법인은 공익성과 비영리성을 평가하고, 세무공익법인은 공익성에 대한 실적과 투명성을 평가할 수 있도록 평가 기준을 제시한다. 두 법인 모두 공익성 평가를 통해 일정 점수 이상을 얻으면 상위법인으로 승급하거나, 일정 점수 이하를 받으면 하위법인으로 강등할 수 있도록 하는 방안을 제안한다.
셋째, 공익성 평가를 통해 공익법인을 구분하고, 조세 혜택을 차별화하고자 한다. 세무비영리단체는 현재 비영리법인과 동등하게 적용되는 조세 혜택을 대폭 줄여서 수익사업에 대해서 영리법인과 동일한 법인세율을 적용한다. 세무비영리법인은 현재 비영리법인의 조세 혜택을 유지한다. 세무공익법인은 추가적인 조세 혜택을 제공하나 의무사항과 사후관리를 더 강화하여 명실상부한 공익법인이 될 수 있도록 하는 방안을 제안한다.
넷째, 공익법인의 공익성을 제대로 검증할 수 있는 전문적이고 독립적인 별도의 공익성 검증기관을 도입할 것을 제안한다. 공익성 검증기관은 주무관청과 조세 당국의 의견을 받아 이를 참고하되, 국가 전체 차원에서 통일적인 공익성 기준을 가지고 일관성 있게 공익성을 검증하고 법인설립 인가도 주관하는 공익성 검증기관이어야 할 것이다.
다섯째, 주식 보유에 대한 규정을 좀 더 확대하여 상호출자제한기업집단이라 하더라도 내국법인 주식의 20% 이상 출연받을 수 있도록 한다. 이에 해당하는 공익법인은 주식 보유 사전 신고 시 100분의 10을 초과하여 보유한 주식에 대한 증여세나 상속세에 해당하는 금액을 계산한다. 또한 상속세 및 증여세의 3/4에 해당하는 금액을 향후 5년간 안분하여 의무지출 하도록 규정하여 공익성을 강화하도록 한다. 이를 위반하는 경우에는 상속세 및 증여세를 부과함과 아울러 가산세를 추징하고 법인인가취소를 하는 등 사후관리도 보완한다.
추가적으로 구원장학재단의 대법원 전원합의체 판결에 맞도록 상속세 및 증여세법 일부의 개정을 제안한다. 즉, 특수관계자의 판단기준을 '정관작성, 이사선임 등의 과정에서 실질적으로 지배적인 영향력을 행사한 자'라고 명시한다. 아울러, 특수관계자 판단 시점을 '출연 이후의 시점'으로 개정하여 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성과 예측 가능성을 제고 하도록 한다.