우리나라의 부동산 보유세는 지방세인 재산세와 국세인 종합부동산세로 나뉜다. 재산세는 지방자치단체에서 과세하는 지방세로 주택과 건축물및 토지를 과세대상으로 한다. 종합부동산세는 일정한 가액 이상의 주택과 토지의 보유자에게 재산세와는 별도로 추가로 과세하는 국세이다.
재산세의 과세대상 중에서 주택은 건축물과 그 부속토지를 통합하여 과세하고 있다. 반면, 비주거용 부동산의 경우에는 건축물과 그 해당 토지를 분리하여 과세하는 이원화된 과세체계를 유지하고 있다. 그에 따라 건축물과 토지를 과세대상으로 하여, 그 각각에 대해 과세표준과 세율을 적용하여 재산세를 산출한다.
재산에 대한 과세는 재산의 가치를 기준으로 과세하는 것을 본질로한다. 그런데, 현재와 같이 이원화된 과세체계 하에서는 건축물과 부속토지의 가치를 각각 평가하여 과세표준으로 사용하기 때문에 시가를 제대로 반영하지 못하는 문제점이 발생한다. 그에 따라 지역간 및 과세물건간 과세 불형평 문제를 초래하게 된다. 그리고 건축물과 토지로 나뉘고, 토지는 다시 3가지 유형(종합합산 토지, 별도합산 토지, 분리과세 토지)으로 구분되어 과세단위가 더욱 세분화됨으로 인하여, 납세자들은 의도적으로 세부담이 낮은 토지로 옮겨가려고 하는 등 세율체계와 조화되지 않는 문제점이 발생한다.
이러한 문제점을 개선하기 위해서는 비주거용 부동산의 과세체계를 건축물과 부속 토지를 분리하지 않고 하나의 과세단위로 보고, 이에 대해 적정가격을 평가하여 과세표준을 산출하고, 해당 과세표준에 대하여 단일의 세율을 적용하는 통합과세체계로의 개편이 필요하다고 할 것이다.
다만, 통합과세체계로 개편할 경우에는 토지를 중심으로 하는 과세체계와 상충되는 문제점이 발생하게 된다. 따라서 통합과세체계를 도입할 경우에는 현행 과세체계와 조화를 이루는 방안을 모색하여야 한다. 특히, 우리나라의 토지에 대한 보유세 체계는 토지의 효율적인 이용을 도모하고, 투기억제나 토지소유의 분산을 유도할 수 있도록 합산누진과세를 원칙으로 하고 있다. 토지에 대한 이러한 과세체계의 본질을 훼손하지 않으면서 가격산정 단위와 조화를 이룰 수 있도록 과세단위를 조정해야 하고, 이를 바탕으로 정확한 가격산정이 이루어져야 한다.
비주거용 부동산에 대한 과세체계를 통합과세체계로 전환하면 비주거용분 재산세와 비주거용분 종합부동산세라는 새로운 이름의 세목으로 대체되어야한다. 통합과세체계는 부동산 보유세의 과세근거인 응익과세 또는 응능과세 원칙에 부합하고, 지방세인 재산세와 국세인 종합부동산세의 역할에 충실하도록 설계되어야 한다. 세율체계의 변경에 따른 혼란을 최소화하기 위해서는 현행체계와 비교하여 납세자의 세부담이 현재와 비슷하게 설계되어야 한다. 무엇보다 통합과세체계로의 전환은 분리세율에서 단일세율로의 세율체계의 전환을 의미하는데, 통합과세체계의 취지와 현행 과세체계와의 조화를 이룰 수 있도록 설계하여야 한다.
그에 따라 현행 건축물분 재산세가 비례세율 체계이고, 부속토지(별도합산 토지)는 과세표준 구간별 누진세율 체계로 되어있는 것을 통합과세체계 하에서는 물건별 누진세율체계로 전환하는 것이 바람직하다. 그리고 종합부동산세는 통합과세체계로 전환하는 상황에서는 토지뿐 아니라 건축물을 포함하여 과세해야 하므로 이를 반영하여 세율체계를 설계하여야 한다. 아울러 비주거용 부동산분 재산세의 경우 기존에 인별 합산누진세율(토지분 재산세)에서 물건별 누진세율로 과세함에 따라 합산누진세율 효과가 사라지는 문제점이 있는데, 이는 종합부동산세의 과세기준을 앞당기는 등 납세자별 기존 과세체계에서의 세부담과 큰 차이가 발생하지 않도록 조정하여야 할 것이다.
이와 같이 비주거용 부동산에 대한 재산세의 과세를 통합과세로 전환하면, 2005년 주택분 재산세의 통합과세 이후에 그동안 이원화된 과세체계를 유지하고 있던 비주거용 부동산까지 통합과세로 전환되어, 우리나라의 재산세 과세체계가 합리적으로 발전하는 계기가 될 수 있을 것이다.